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民國69年,政府為解決大臺北地區的運輸問題,遂決定興建捷運以舒緩交通。目前行經南港轄區內計有南港線及文山內湖線。

南港線自南港展覽館站至西門站,全長12公里,設有13個車站,全程皆為地下段,屬於高運量系統且所經路段多為人口密集、車流量最龐大的商圈,與高鐵、臺鐵形成三鐵共構。本段路線分數階段通車,第一階段西門站至市政府站已於民國88年12月24日通車,第二階段至昆陽站則於民國89年12月30日完工通車。昆陽站至南港站於97年12月25日完工通車,南港站至南港展覽館站於100年2月27日正式營運通車,可接軌串聯文山內湖線與南港線。

文山內湖線從木柵動物園經新光路、萬芳路、興隆路、辛亥路,穿越辛亥隧道北側接和平東路轉復興南、北路,至民權東路的中山國中是國內第一條通車的捷運路線,於民國85年3月28日通車營運。續銜接前段路線中山國中站尾軌,沿復興北路至民族東路口轉進松山機場漸變段駛入地下,續往北穿越松山機場、基隆河,經北安路往東沿內湖路、文德路、成功路、康寧路,最後進入南港經貿園區,於民國98年7月4日通車營運。全線總長約25.2公里,共24個車站,全程分為地下、高架二段。在忠孝復興站可轉乘南港線。

隨著臺灣南北交通運輸的需求持續增加,政府於1980年代開始籌建臺灣南北高速鐵路,於民國88年正式動工,民國96年1月5日通車,成為臺灣重要的長途交通動脈之一,亦為臺灣軌道工業指標。台灣高鐵全線共設置12個車站,南港轄區內之南港站與臺北站、板橋站及桃園站皆為地下車站。

南港站為三鐵共構之車站,亦即台灣高鐵、臺灣鐵路管理局縱貫線及臺北捷運藍線(南港線),高鐵南港站105年7月1日正式通車,時任副總統陳建仁出席通車典禮時表示,隨著高鐵南港站的啟用,高鐵也正式全線通車,一個國家若有良好的交通建設,不僅帶給人民生活的便捷,也帶動整個國家的發展,高鐵南港站的開通,除了提供運輸的便利性外,也會帶動地區發展;目前臺北市政府已將南港車站做為交通樞紐,結合南港軟體園區、國家生技研究園區等公共建設,帶動南港地區的轉型與再發展,政府未來規劃積極發展的5大生技研發中心,也都是沿著高鐵而來,例如桃園的亞洲矽谷,而國家生技研究園區包括南港、新竹、臺中、臺南及高雄等,均以高鐵為中心再向外延伸發展,台灣高鐵的營運實績,也屢獲國際肯定,不論是經商洽公、返鄉探親或是觀光旅遊,快速、準點與安全的高鐵都是旅客最佳的選擇,也讓台灣高鐵成為臺灣的驕傲。